La pergamena più antica che riporta il toponimo di Santo Stefano è quella del 1279 (reg. 2323) : Giovanni, f. del q. Nicola de Rigale, essendo gravemente ammalato e non possedendo beni mobili, ma solo stabili, che egli teneva a censo dal monastero di M. V. per un certo canone annuo, chiede all’abate Giovanni la facoltà di vendere la terra con vigna sita nel luogo di Santo Stefano. Tale località era ubicata nei pressi del territorio di Urbiniano, la zona cioè che dalla chiesa di san Modestino si estendeva fino al Casale. Nella cittadina di Mercogliano si distinguevano tre zone: una racchiusa dalle mura, che vengono più volte citate nei documenti innanzi descritti, un’altra detta Casale, dal ponte fino all’attuale Piazza Morelli e Silvati che ne era esclusa, ed un’altra da questo luogo in basso. La chiesa di Santo Stefano era dunque situata al di fuori della zona antica della cittadina, dove scorreva il torrente omonimo e dove è attualmente  presente il bar Clever.